Με ενέργειες του Τεχνικού Διευθυντή Ακαδημιών της ΠΑΕ Τόλη Αποστόλου και σε συνεργασία με τους προπονητές των τμημάτων Γιώργο Κορακάκη (Κ20), Βασίλη Καλτσή(Κ17), Σάκη Σάσσαλο (Κ16), Σωκράτη Οφρυδόπουλο (Κ15) αποκτήθηκαν παίκτες μέσα από τη διαδικασία του σκάουτινγκ και της παρακολούθησης σε αρκετούς αγώνες.

Στη λίστα των νεοαποκτηθέντων δεν υπολογίζονται φυσικά οι γηγενείς παίκτες του Ατρόμητου που μεταπήδησαν από το ένα τμήμα στο άλλο, ανάλογα με την ηλικία τους, και οι οποίοι αποτελούν βέβαια την συντριπτική πλειοψηφία. Αναλυτικά η κάθε ομάδα απέκτησε τους εξής ποδοσφαιριστές:

ΑΤΡΟΜΗΤΟΣ Κ20

Αθανάσιος Ντιντής (μέσος) από Τύρναβο (1998)

Γιώργος Σαμπατάκος (τερματοφύλακας) από ΠΑΟ (1998)

Χαϊτούλα Ρομάριο (επιθετικός) ελεύθερος (1998)

Φραγκίσκος Χανιώτης (τερματοφύλακας) από ΟΣΦΠ (1998)

Νικόλα Ζιβάνοβιτς (μέσος) από Πανερυθραϊκό (1998)

ΑΤΡΟΜΗΤΟΣ Κ17

Αντώνης Τριμμάτης (επιθετικός) από ΑΕ Δικαίου Κω (1999)

Άντι Ιμέρι (μέσος) από Κρητικό Αστήρ Xανίων (1999)

Χρήστος Μαρκουλάκης (αμυντικός) από Κρητικό Αστήρ Χανίων(1999)

Δημήτρης Ζαραφέτας (επιθετικός) από Πανιώνιο Μεγαλόπολης (1999)

Ορέστης Ασλάνι (επιθετικός) από Μύκονο (1999)

Νίκος Νάζος (αμυντικός) από Μύκονο   (1999)

Γιώργος Λιβησιάνος (τερματοφύλακας) από Κλεόβουλο Λίνδου (1999)

Γιώργος Κακοσίμος (επιθετικός) από Ειδυλιακό (1999)

Βαγγέλης Αναστασίου (αμυντικός) από Μύκονο (1999)

ΑΤΡΟΜΗΤΟΣ Κ16

Ιάσονας Χαραλαμπίδης (επιθετικός) από Θησέα Νέας Μάκρης (2000)

ΑΤΡΟΜΗΤΟΣ Κ15

Βασίλης Πολίτης (αμυντικός) από Πανερυθραϊκό (2001)

Παν/ζης Σκλιάς (τερματοφύλακας) από Μανδραϊκό (2001)

Σταύρος Λουκής (τερματοφύλακας) από ΑΟ Πάρου (2001)

Διονύσης Κουστουμπάρδης (αμυντικός) από Απόλλων Χαλανδρίου (2001)

Γιώργος Κολινιάτης (επιθετικός) από Απόλλωνα Χαλανδρίου (2001)

Νίκος Κάνιουρας (επιθετικός) από Μύκονο (2001)

Αρσένιος Δημητρίου (μέσος) από Champions Λεμεσός Κύπρου (2001)

Ανδρέας Δρόσος (μέσος) από ΑΟ Τσιλιβή (2001)

Παναγιώτης Κιριφίδης (επιθετικός) ελεύθερος (2001)