Ο «Νάπο» όμως έμεινε στον Ατρόμητο μέχρι το 2019, στην πιο μεγάλη κίνηση πέρα από κάθε αμφιβολία έχει πραγματοποιήσει η ομάδα τα τελευταία χρόνια μαζί με την παραμονή του Ούμπιντες, δείχνοντας ότι τους παίκτες που θέλει μπορεί και τους κρατάει. Και ας έχουν οι άλλοι μεγαλύτερα μπάτζετ και ας έχουν μαζί τους όλα τα μέσα ενημέρωσης.
Σε δηλώσεις του στο επίσημο site της ΠΑΕ Ατρόμητος τόνισε τα εξής: « Είμαι πολύ χαρούμενος που συνεχίζω την καριέρα μου στην οικογένεια του Ατρόμητου. Είναι κάτι που το ήθελα πολύ και το ήθελε και η ομάδα. Αν και υπήρχαν και άλλες περιπτώσεις εν τούτοις μόλις καθίσαμε στο τραπέζι των διαπραγματεύσεων και επίσημα δεν το σκέφθηκα και κατευθείαν βρήκαμε τη λύση και τον τρόπο στην ομάδα μου.
Έχω περάσει ήδη 2,5 όμορφα χρόνια στον Ατρόμητο και είμαι σίγουρος ότι και οι επόμενες χρονιές θα είναι ακόμη καλύτερες γιατί η ομάδα και ο πρόεδρος της κύριος Σπανός έχουν στόχους και όραμα. Αυτό φάνηκε όχι μόνο από τη δική μου συμφωνία αλλά και με την παραμονή του Ούμπιντες που προηγήθηκε.
Πολύ μεγάλο ρόλο για την παραμονή μου έπαιξε η δουλειά που έκανε ο τεχνικός διευθυντής Γιάννης Αγγελόπουλος ο οποίος από εκεί που είχα αρχίσει να κάνω και δεύτερες σκέψεις έδειξε πόσο με θέλει, μπορώ να πω ανεπιφύλακτα ότι πήρε πάνω του το παιχνίδι μόνος του και το κέρδισε. Θέλω λοιπόν να τον ευχαριστήσω όπως και τον πρόεδρο κύριο Σπανό για τη θέληση που έδειξαν. Για έναν παίκτη είναι κάτι πολύ σημαντικό και προσωπικά με έκανε να μην το σκεφθώ στο τέλος πάρα πολύ.
Είναι επίσης σημαντικό ότι ακόμη και στη φετινή χρονιά που ξεκίνησε δύσκολα και συνεχίστηκε το ίδιο δύσκολα, η ομάδα μπόρεσε να πετύχει τον ένα στόχο της και πλέον έχουμε μπροστά μας τα play offs για να διεκδικήσουμε την καλύτερη δυνατή θέση και να ξαναπαίξουμε στην Ευρώπη.
Ελπίζω τέλος ότι με την παραμονή μου θα χαρεί και ο κόσμος της ομάδας που με στηρίζει και μου δείχνει την αγάπη του. Εύχομαι να του δώσω πολλές χαρές και να φθάσουμε ψηλότερα. Όλοι μαζί να συνεχίζουν να είναι κοντά στην ομάδα και ακόμη πολύ πιο περισσότεροι γιατί η συμπαράστασή τους στην προσπάθεια που κάνουμε είναι πολύτιμη».
Ο Στέφανο Ναπολεόνι ήρθε στον Ατρόμητο το δεύτερο εξάμηνο της σεζόν 2012-13 και σημείωσε 4 γκολ (όλα στα play offs) σε 16 συμμετοχές. Την επόμενη σεζόν (2013-2014) πραγματοποίησε 29 συμμετοχές στο πρωτάθλημα (10 γκολ), 3 συμμετοχές στο Κύπελλο Ελλάδας και 2 συμμετοχές στο Γιουρόπα Λιγκ. Φέτος (σεζόν 2014-15).
