Ο Καραγκούνης είχε αποκτηθεί το 2009 από τον Ατρόμητο όταν έπαιζε στη Γ' Εθνική με τον Εθνικο και τον Ιανουάριο πουλήθηκε αντί 400 000 ευρώ στην Τσβόλε έχοντας παίξει 85 φορές στην Α' Εθνικη με 8 γκολ εκ των οποίων ένα είχε αναδειχθεί κορυφαίο της χρονιάς.
Στάθηκε πάντως πολύ άτυχος καθώς υποβλήθηκε σε εγχείριση χιαστών και στα δύο γόνατα. Αν και είχε προτάσεις από ομάδες της Ολλανδίας προτίμησε να γυρίσει στην Λαμία, οικογενειάρχης γαρ...
Η ανακοίνωση της Λαμίας αναφέρει τα εξής: «Η ΠΑΕ ΠΑΣ ΛΑΜΙΑ 1964 ανακοινώνει την έναρξη της συνεργασίας της με τον 27χρονο μεσοεπιθετικό Θανάση Καραγκούνη. Ο Λαμιώτης ποδοσφαιριστής αγωνιζόταν στην Ολλανδική ΠΕΚ Ζβόλε, ενώ στο παρελθόν έχει φορέσει και τη φανέλα του Ατρόμητου Αθηνών. Τον καλωσορίζουμε και του ευχόμαστε πολλές επιτυχίες με την ομάδα μας».